A、氧的摄入,二氧化碳的排出都通过表膜,即草履虫通过表膜进行呼吸,但是表膜不属于器官,因为草履虫只是单细胞生物,A错误;
B、草履虫生活在水中,靠体表纤毛的摆动,在水中旋转前进运动速度较快,用显微镜观察其结构时,不易看清.放少量棉花纤维,可以限制草履虫的活动范围,减慢它的运动速度,B错误;
C、观察草履虫的实验中,为避免染液对草履虫的伤害,对制成的标本不进行染色,在视野中就会出现一条黑色棒状物,这样 就能将这个物体与明亮的背景分开,因此要观察草履虫的纤毛应用暗视野,C错误.
D、草履虫是一种动物,能躲避有害刺激,趋向有利刺激,这种生物体对外界刺激作出的有规律的反应,叫生物的应激性,D正确.
故选:D