应届生合同违约金上限是5000元。具体规定如下：

1、三方协议仅限于应届毕业生在求职阶段与拟用人单位签订的合同，效力仅限于取得毕业证以前；

2、三方协议的目的是约束应届毕业生毕业后进入拟用人单位工作，同时要求拟用人单位在毕业生毕业后与该毕业生签订劳动合同，因此如果用人单位与应届毕业生签定了正式的劳动合同，则三方协议的效力自然解除；

3、正式劳动合同可以约定的违约条款仅局限于涉及保密条款和设定服务期的合同，其他任何情形都不得为劳动者设定违约金。三方协议的违约条款仅针对应届毕业生毕业后未进入用人单位，在正式劳动合同签订后，该违约条款所需的基础已经不复存在，所以违约条款当然不可能顺延至正式劳动合同中；

4、三方协议是计划经济与市场经济过渡期间的产物，对于三方协议没有准确的法律予以规定。

法律依据：

《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》第二十四条

经供需见面和双向选择后，毕业生、用人单位和高等学校应当签订毕业生就业协议书，作为制定就业计划和派遣的依据。未经学校同意，毕业生擅自签定的协议无效。

第二十五条

供需见面和双向选择活动要在国家就业方针、政策指导下，有组织、有计划、有步骤地进行，时间应安排在节假日。

法律主观：

应届生签了两方协议，发生违约行为后，需要按照协议的规定赔付违约金。

《中华人民共和国民法典》第五百八十四条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，造成对方损失的，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益；但是，不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。