（一）物理清除法：如玻璃壁上褐色藻层，可以轻易的用细软布匹或三角板等将其去除，至于叶片上的藻类可用手指将其搓掉，此时并配合换水保养，但请别忘了根本的问题在于水中过多的残存营养源，如硝酸盐等，良好的过滤与正确的光源还有减少喂食才是最根本的治本方法。

（二）生物防治法：加入藻食性生物来吃掉增生的藻类，是一种最和平又具生态平衡观念的藻类防治法。水草缸中适合放入食藻鱼有小精灵，它适合去除褐色藻层，而青苔鼠也是不错的选择，只是成鱼个体大，有时在休息时会压垮部份细嫩草技。嗜食藻类的金线飞狐是非常值得推荐的食藻鱼，它具有强大的食藻能力，绿毛藻、丝状藻是它的最爱。

（三）药剂防治法：当所有的防治清除方法都没有令人满意的功效时，使用含除藻成份的化学药剂可能是最后一道防线了，选用藻类防治剂也是必须仔细挑选品牌与功能性，有些市售品牌不只除藻而且除草，这是可怕的一件事，若因此而毁了整缸水草，恐怕得不偿失！良好设计的除藻剂往往具有阶段性的有效功能。

藻类喜欢生长有水流较强、溶氧较高的环境下，因此在正确的使用滤材下，过滤桶的出水量与过滤量并非愈大、愈快愈好，讲求的应是硝化细菌系统的有效过滤效率。

所以一般建议以每小时过滤量为水草缸总水量的2－3倍即可，过强的水量输出会造成水草缸 CO2 不足或是溶氧全天候过多，引起藻类孳生，而愈小的桶子愈大的出水量更是不足以形成有效的过滤，因为太快的水流是没有办法让硝化菌有充分时间来进行硝化反应的，在这种情形下所营造出来的环境条件，显然对藻类的生存竞争有利太多了，水草长得不好，藻类子孙满堂，当然是一定的趋大减大量藻类会妨碍水草正常生长 藻类的滋生会影响水草缸的整体景观。

鱼缸长绿毛，可以将其连根拔起，换上新水草，每隔2～3天换一次水，换水时用手轻轻揉搓绿毛，使其同水一同排出。还可以在鱼缸中养殖一些清洁鱼类，比如金苔鼠、小精灵等。

鱼缸里长了绿毛，首先需将长了绿毛的水草连根拔起，从源头上彻底的消灭掉绿毛草，之后再换上新的水草，这样能简单有效的除掉缸内的绿毛草。

其次就是勤换水，建议每隔2～3天换掉缸内三分之二的水，换水的同时用手轻轻地在水草周围轻轻的摩擦，这样就可使水草上的绿毛融入水中，在换水时绿毛就会随着水流出去。

也可在缸内养殖几条金苔鼠、小精灵等清洁鱼，这些鱼类在不翻缸的情况下，能将缸内水草上的绿毛当做食物清理干净。